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思うに、秘密鍵へのアクセスが制限されてるからな気がする。
実際に証明書をインポートして、Certmgrとかからエクスポートしようとしても秘密鍵のエクスポートが許可されてないのでアクセスできません。
Azure上で動かないのは下記のKBあたりが原因かな?
アプリケーションプールの実行ユーザーに適切な権限が無かったりユーザープロファイルがロードされてないのが原因ぽいです? 秘密鍵にコードからアクセスできないからそこは良しなにしようとするけど、それもできずに例外吐いてるのかなー。
とか思いました。Webサイトじゃなくてクラウドサービスならあるいは。
まぁPublishSettingsの中の証明書が変わるかしないとしんどいかな。しかしアレはアレで面倒なのでどっちつかずであります。