Office 365の管理をPowerShell使ってやるのはまぁごく普通だと思いますが、アカウントが多要素認証（MFA）使うようになっているともろもろうまく動作しません。（端的に言うとGet-CredentialしてもConnect-MSOLServiceで怒られる。アプリケーション用パスワード渡すとそれは使えません的に怒られる）

ちょっと古い話ですが、一応回避策はあってMFAに対応したAzureAD PowerShellを使えばいい感じです。

• Azure Active Directory PowerShell with Modern Authentication

サイト見てもらえばわかる通り、MicrosoftのConnect上で公開されています。つまりまだPublic Preview。。という制限をわかったうえでご利用ください。
※MSアカウントでサインイン後、ダウンロードリンクからダウンロードしてください。
※インストールする前に以前のAzureAD PowerShellをアンインストールしておきましょう

インストール後、普通に Connect-MSOLService を引数なしで実行すればおなじみの（ADALで使う）認証ダイアログが表示されてMFAが有効でもOKになります。
（ただしAzureADの組織アカウントのみ）

• Azure AD PowerShell: Public Preview of support for Azure MFA + new Device Management Commands

これで一通り管理できるようになったわけですが、少し問題が。。
というのもExchange Onlineなどを管理するにはこれまで通りGet-Credentialで取得したCredentialを渡してあげる必要があって、ここがうまくいかないです。。（未解決）
もしかしたら更新されたモジュールがあるかもしれませんが。みなさんどうしてるんでしょうね？