NuGet 3.4 Known Issues ということのようで。
%AppData%\NuGet\NuGet.Config ファイルを消してVSのオプションページからNuGet Package Manager\Package Sourceを開いてファイル再生成すると直った。

おかげでビルドできなかったHoloLensのプロジェクトテンプレートもすんなりいきました。。