Windows Server 2016もRTMしたことですし、Azure Cloud ServicesのGuest OSにもWindows Server 2016ベースのGuest OS 5.xがリリースされました。
October 23 2016
Windows Server 2016 will be released as OS Family 5 on November 1 2016, with .NET 4.6 support.
WA-GUEST-OS-5.2_201610-02 ということで.NET 4.0, 4.5, 4.5.1, 4.5.2, 4.6, 4.6.1, 4.6.2がサポートされます。アップデートする場合は注意してくださいね。
使う場合は最新のAzure SDK for .NETを使えばよいかと思います（2.9.5.1以上でサポートぽい）
というわけで普通に使えました。（現行ポータルだとバージョン見れなかったので）
メールで来てましたが11月にでるGuest OSではプリインストールされている.NET Frameworkのバージョンが4.5.2になります。
.NET Framework 4.5.2より古いバージョンのサポートが2016年1月12日で終了するのでサポート対象のものにするのが大きな理由です。
Guest OSと.NET Frameworkの対応表はこんな感じ。
| Guest OSファミリー | GuestOS201511-02より古いの | Guest OS201511-02以降 |
| Guest OS 2.x (Windows Server 2008 R2ベース) | .NET 3.5 / .NET 4.0 | .NET 3.5 / .NET 4.5.2 |
| Guest OS 3.x (Windows Server 2012ベース) | .NET 4.5 | .NET 4.5.2 |
| Guest OS 4.x (Windows Server 2012 R2ベース) | .NET 4.5.1 | .NET 4.5.2 |
いちおうWA-GUEST-OS-4.26_201511-01, WA-GUEST-OS-3.33_201511-01, WA-GUEST-OS-2.45_201511-01では.NET 4.5.2への対応が含まれませんが既定はWA-GUEST-OS-4.26_201511-02, WA-GUEST-OS-3.33_201511-02, WA-GUEST-OS-2.45_201511-02（末尾が02）なので注意ください。
事前に.NET Framework 4.5.2で動作するかどうかチェックしたい場合は手動でいれるかこちらの記事のようにインストールする必要があります。
問題がないようにあらかじめテストしておきましょう。
Visual Studio 2013 Update4＋Azure SDK 2.5.1でCloud Servicesの発行しようとするとエラーになります。
Could not load file or assembly ‘Microsoft.WindowsAzure.Packaging, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35’ or one of its dependencies. The system cannot find the file specified. C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft\VisualStudio\v12.0\Windows Azure Tools\2.5\Microsoft.WindowsAzure.targets
Azure Authoring Toolsがおかしいみたいなので、アンインストールして以下のToolsをいれなおしましょう。
困ったもんです。
