ちょっとはまったのでメモ。（そのうち改善されると思われる）

はまった環境: Visual Studio 2017 で .NET Framework 4.6.2 なクラスライブラリでNuGetなパッケージを使用しているC#プロジェクト（NuGetはPackageReferenceを参照する）と、それを参照するASP.NETなアプリ（1つのソリューションにASP.NETとクラスライブラリなプロジェクトがある状態）
はまった理由:  App Service上（Kudu上）で msbuild 15.x がないから（たぶん）

普通にApp Service上でCI/CDを使って（今回はLocal Git）上記なプロジェクトをデプロイ（git push）すると以下のようにNuGetで取得するパッケージに含まれるアセンブリが見つからない旨のエラーがでてビルドに失敗します。（nuget restoreやdonet restoreしてるにも関わらず）

省略
:
remote: D:\Program Files (x86)\dotnet\sdk\2.0.0-preview1-005977\Microsoft.Common.CurrentVersion.targets(1964,5): warning MSB3245: Could not resolve this reference. Could not locate the assembly "Newtonsoft.Json, Version=10.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=30ad4fe6b2a6aeed, processorArchitecture=MSIL". Check to make sure the assembly exists on disk. If this reference is required by your code, you may get compilation errors. [D:\home\site\repository\web1\Shared\Shared.csproj]
:
以下略

カスタムデプロイスクリプトを使用するようにして、dotnet build や dotnet msbuild を使ってもダメです。
※Kudu上に現状Previewなmsbuildがありますがそちらを使ってもダメ
※ちなみにプロジェクトがPackage.configを参照するようになってたら問題なくビルドできます。PackageReferenceの場合のみおかしい。

回避策: クラスライブラリなプロジェクトファイル（.csproj）を新しい形式に変換する

変換は以下のURLを参考に。

• Old csproj to new csproj: Visual Studio 2017 upgrade guide

最低限Project要素の属性を新しくして TargetFrameworkVersion を TargetFrameworkにしてv.4.6.2 とかを net462 とかにします。あとは不要な要素はバスバスけして、AssemblyInfo.csも消したりしました。
修正後、Visual Studio 2017上でちゃんとプロジェクトがロードできてビルドできればひとまず大丈夫かと思います。（Minなcsprojにしてから後でNuGetパッケージ追加したりもろもろいじってもよいかと思います。

変換後は dotnet build や dotnet publish で問題なくビルドできます。（つら）

過渡期な問題だと思いますが、もし嵌った人がいれば参考にしてもらえると。